เอเลียนเป็นเกมที่ขับเคลื่อนโดยเมนูสัพพัญญู ผู้เล่นมีหน้าที่ดูแลลูกเรือทั้งหมดของยานโนสโตรโม เกมเริ่มต้นด้วยหนึ่งในลูกเรือที่ถูกเอเลียนสังหาร ซึ่งสะท้อนถึงการตายของเคนเมื่อเขาให้กำเนิดเอเลียนตามที่ปรากฏในภาพยนตร์ โดยผู้เล่นต้องเคลื่อนย้ายตัวละครไปรอบ ๆ บนแผนที่-ตารางแทนยาน ขณะที่พวกเขาค้นหาเอเลียน ส่วนของที่ทิ้งระเกะระกะอยู่รอบ ๆ แผนที่เป็นวัตถุต่าง ๆ ที่มีประโยชน์ เช่น ตาข่าย, เตาเผาขยะ, ปืนพก และถังออกซิเจน ผู้เล่นสามารถสั่งให้ลูกเรือคนหนึ่งหยิบสิ่งของดังกล่าวและใช้งานได้เมื่อจำเป็น

ตามสถานการณ์ปัจจุบัน สถานะทางอารมณ์ของลูกเรือสามารถเปลี่ยนแปลงได้ สถานะทางอารมณ์ของพวกเขาอาจมีตั้งแต่มั่นใจ, มั่นคง, ไม่สบายใจ, หวั่นไหว, ตีโพยตีพาย และอารมณ์เสีย ซึ่งหมายความว่าลูกเรือจะไม่ปฏิบัติตามคำสั่งของผู้เล่นเสมอไป และอาจถูกแช่ด้วยความกลัวหรือไม่เต็มใจที่จะเข้าสู่สถานการณ์อันตราย การสั่งตัวละครให้หยิบอาวุธสามารถส่งผลดีต่อสถานะทางอารมณ์และทำให้พวกเขามีแนวโน้มที่จะปฏิบัติตามคำสั่ง การส่งตัวละครออกไปตามลำพังอาจส่งผลเสียต่อสถานะทางอารมณ์ของพวกเขา ทำให้พวกเขากระทำได้ไม่ดี ยิ่งกว่านั้น เช่นเดียวกับในภาพยนตร์ ลูกเรือคนหนึ่งเป็นแอนดรอยด์อย่างลับ ๆ และเขาจะขึ้นอยู่กับลูกเรือคนอื่น เมื่อลูกเรือลดลงเหลือสามคน จะมีตัวเลือกในการเปิดใช้งานลำดับการทำลายตนเองของยาน และหลบหนีไปในกระสวยอวกาศนาร์ซิสซัส